Pasó casi toda su vida al servicio de la capilla imperial de los Habsburgo en Viena y Praga. En 1566 fue reclutado como miembro del coro de la corte del emperador Maximiliano II en Viena; allí sus profesores de música pueden haber sido Jacobus Vaet, Alard du Gaucquier y Philippe de Monte, mientras que debe haber estudiado órgano ya sea con el primer organista de la corte Wilhelmus Formellis o con uno de los sub-organistas, Wilhelm von Mulin o Paul van Winde.

Al salir de la capilla el 30 de julio de 1571 después que su voz cambió, Luython recibió el honorario usual de 50 florines. Viajó a Italia para trabajar y ampliar su formación, al igual que otros cantantes de la corte imperial, como Jacob Regnart. El 18 de mayo de 1576 volvió al servicio de la corte imperial como 'músico de cámara' (probablemente como organista en lugar de cantante) con un sueldo de 10 florines al mes. Fue uno de los primeros miembros de la Kammermusik recién fundada, un establecimiento paralelo a la capilla de la corte y a la banda militar.

En 1577 Luython fue contratado como organista de cámara en la corte de reciente creación del sucesor de Maximiliano, Rodolfo II, que fue trasladada a Praga. Entre el 25 de febrero de 1580 y el 28 de febrero de 1581 aumentó su magro salario con el de oficial subalterno en el guardarropía imperial (unndergwardaroba). Cuando murió Formellis, el primer organista de la corte, el 4 de enero de 1582, Luython fue retroactivamente nombrado tercer organista de la corte el 1 de enero de 1577, con un salario mensual de 25 florines. Más tarde, en 1582 acompañó a Rudolf a la Dieta de Augsburgo como segundo organista de la corte, y en ese momento publicó en Venecia su primer y único libro de madrigales, dedicado al magnate de Augsburgo Johann Fugger. Esta excursión comenzó el auge de la reputación de Luython.

Luython colaboró con el organero Albrecht Rudner en la reconstrucción del órgano de la catedral de Praga. Los dos discreparon en varias cuestiones, y en los registros de la corte entre abril de 1581 y 22 de diciembre de 1590 se explican las objeciones de Luthon con gran detalle. Su primera colección de motetes, "Popularis anni jubilus", fue publicado en Praga en 1587, con una dedicatoria al hermano de Rudolf II, el  Archiduque Ernst, con ocasión de su consagración como obispo. El 1 de abril del mismo año se concedió a Lython un escudo de armas menor (Wappen mit Lehenart) en reconocimiento a sus servicios como organista de la corte. Probablemente sirvió efectivamente como primer organista de la corte desde 1594, cuando Paul van Winde se fue a los Países Bajos; fue nombrado oficialmente en el cargo cuando van Winde murió en 1596.

Cuando Monte murió el 4 de julio de 1603, Luython le sucedió como compositor de la corte, con un aumento de sueldo de 10 florines al mes. Publicó en Praga otro volumen de motetes en 1603, un libro de "Lamentaciones" en 1604, y una colección de misas en 1609 (dos veces reimpresas en Francfort). La dedicatoria de las misas a Rudolf II le brindó a Luython un regalo de 500 florines. El 16 de mayo de 1611 fue galardonado con una pensión anual de 200 florines en reconocimiento a 35 años de servicio leal a la corte imperial. Pero al igual que muchos de los empleados de Rudolf, Luython tuvo problemas para cobrar lo que le debía; su salario había llegado a 1.600 florines en mora en 1591, y durante toda su vida Rudolf fue apremiado para cobrar su pensión. Después de la muerte de Rudolf en 1612, su hermano y sucesor Mathhias disolvió la capilla de la corte y desconoció su responsabilidad por las deudas a sus miembros. Luython, que nunca se había casado o tomado las órdenes sagradas, murió en la indigencia en 1620, dejando 2.400 florines en atrasos de salario y pensión a su hermano Claude y sus hermanas Clara y Sibella; su testamento nunca fue ejecutado.

Praetorius hizo una descripción de un notable clavicordio de propiedad de Luython; lo llamó 'clavicimbalum universale seu perfectum'. El instrumento tenía un teclado enarmónico de cuatro octavas en que se dividieron las cinco de las claves regulares de cada octava, y se crearon teclas afinadas como Mi y Re insertadas entre Mi y Fa y entre Si y Do; podía tocar en los géneros cromático y enarmónico así como en el diatónico. El teclado deslizante podía fijarse en cualquiera de los siete pasos enarmónicos abarcando una tercera mayor. La pobreza obligó a Luython a vender su clavicordio en 100 florines en 1613.

La música vocal de Luython refleja en gran medida la influencia de Philippe de Monte. Diez de los 11 madrigales en su primer libro ponen música a poemas de Petrarca, pero el sexto, "Sacro monte mio dolce" es un homenaje a Monte, cuyo texto puede haber sido escrito por Luython. Las cuatro misas parodia de las nueve en su primer libro se basan en motetes y madrigales de Monte. Otra misa, la Missa super basim 'Caesar vive' para siete voces, refuerza la dedicatoria del volumen Rudolf II; su cantus firmus es una corta melodía compuesta para el propósito. Las cuatro misas restantes son todas tituladas "Missa quadlibetica", un término usado también por Vaet y Regnart. Comparten una rápida declamación, en su mayoría silábica de las palabras y un grado notable de unidad temática dentro de cada composición. La sección 'Hosanna' del Sanctus siempre se elide con el 'Pleni sunt caeli', y el Agnus Dei se da una sola vez en lugar de triple presentación. La concentración temática sugiere que las misas del 'QuodLibet' pueden ser parodias de composiciones existentes, pero no se ha identificado ningún modelo. Si bien los ejemplos de tres y cuatro voces son más simples en textura y estructura, la "Missa quodlibetica" para seis voces es de contrapunto complejo y expansiva en la forma. La Missa "Tytire tu patule" de Luython, no incluida en el volumen impreso, es probablemente una de las misas dedicadas a Maximiliano II mencionadas en documentos de 1575 y 1576.

Luython era menos conservador en su composición para instrumentos, lo que refleja las ideas de los contemporáneos de mirada al futuro; es quizás más recordado por el puñado de piezas de teclado en las que anticipó posteriores procedimientos fugales. Su "Fuga suavissima" ha sido comparada con piezas similares de Sweelinck y Frescobaldi; se divide en tres secciones y se basa en tres temas. Todas sus otras obras instrumentales son del tipo ricercare.